- Seksi Proteksi mempunyai tugas:
- Menyusun rencana dan program Seksi;
- Menyiapkan dan menginventarisasi sarana pengamatan, peramalan dan pengendalian Organisme Pengganggu Tumbuhan;
- Mengumpulkan data/informasi hasil pengamatan;
- Menyusun dan menganalisa pengamatan dan pengendalian Organisme Pengganggu Tumbuhan;
- Menyebarluaskan data/informasi keadaan Organisme Pengganggu Tumbuhan;
- Menyebarluaskan tekni Pengendalian Organisme Pengganggu Tumbuhan;
- Menyiapkan rekomendasi pengendalian organisme Pengganggu Tumbuhan;
- Melaksanakan koordinasi terkait proteksi tanaman perkebunan;
- Mengevaluasi kerja bawahan Seksi Proteksi sebagai bahan pembinaan karier;
- Mengevaluasi hasil kerja bawahan seksi perbenihan sebagai bahan pembinaan karier;
- Melaporkan hasil kerja seksi kepada Kepala Balai sebagai bahan pertanggungjawaban secara periodic; dan
- Melaksanakan tugas lain yang diberikan Kepala Balai sesuai tugas dan fungsinya.